本地BLAST
从NCBI下载对应系统的BLAST+程序
根据自己的操作系统，从NCBI的FTP下载合适的BLAST+版本。我的操作系统是Ubuntu 18.04，选择的是ncbi-blast-2.10.0+-x64-linux.tar.gz。
1 | ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/blast+/LATEST/ |
解压，将程序路径添加到环境变量
1 | tar –zxvf ncbi-blast-2.10.0+-x64-linux.tar.gz |
在末尾添加：
1 | export PATH=/home/chenwen/bin/ncbi-blast-2.10.0+-x64-linux/bin:$PATH |
这里的路径视具体情况而定，我喜欢将软件都放在/home/chenwen/bin目录下
更新，使配置生效：
1 | source ~/.bashrc |
从NCBI下载数据库
下载地址：
1 | ftp://ftp.ncbi.nih.gov/blast/db/ |
有关每个文件的含义请阅读README文件。下面摘录几种：
human_genomic.gz 人类基因组序列
nr.gz All non-redundant GenBank CDS translations + RefSeq Proteins + PDB + SwissProt + PIR + PRF所有非冗余的的GenBank CDS区的翻译序列 + 参考序列的蛋白 + PDB数据库 + SwissProt蛋白数据库 + PRF蛋白数据库
nt.gz 除wgs, gss, sts, pat, est, htg以外的核酸序列，注意不是非冗余的
htg.gz 来源于GenBank, EMBL, and DDBJ的高通量基因组测序序列
格式化数据库
BLAST+使用makeblastdb命令格式化数据库。老版本BLAST使用formatdb命令。
1 | makeblastdb -in db.fasta -dbtype prot -parse_seqids -out db_name |
参数说明：
-in：待格式化的序列文件
-dbtype：数据库类型，prot或nucl
-out：数据库名
运行BLAST+
BLAST+提供多种比对程序：
blastp: 用蛋白质序列搜索蛋白质序列库
balstn: 用核酸序列搜索核酸库
blastx：核酸序列对蛋白库的比对，核酸序列在比对之前自动按照六个读码框翻译成蛋白质序列
tblastn：蛋白质序列对核酸库的比对，核酸库中的序列按照六个读码框翻译后与蛋白质序列进行比对搜索
tblastx：核酸序列对核酸库在蛋白质级别的比对，两者都在搜索之前翻译城蛋白质进行比对
核酸序列比对核酸数据库（blastn）：
1 | blastn -query seq.fasta -out out.txt -outfmt 6 -db dbname -evalue 1e-5 -num_threads 8 |
参数说明:
-query： 输入文件路径及文件名
-out：输出文件路径及文件名
-db：格式化了的数据库路径及数据库名
-evalue：设置输出结果的e-value值
-num_threads：线程数
-outfmt：输出文件格式，6是tabular格式
-max_target_seqs：设置最大目标序列匹配数
其他程序比对跟blastn相似，更多参数可以用-help查询。
-outfmt 6的输出文件格式详解
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