在docker中使用Dfam TE Tools分析基因组重复序列

手动安装RepeatMasker和RepeatModeler有点手疼，还好Dfam提供了基于docker的TE Tools。

TE Tools的官网：https://github.com/Dfam-consortium/TETools。

使用docker，需要系统管理员将用户添加到docker用户组。

构建镜像

wget https://github.com/Dfam-consortium/TETools/archive/refs/tags/1.4.tar.gz
tar zxf 1.4.tar.gz 
cd TETools-1.4/
./getsrc.sh
docker build -t dfam/tetools:1.4 .

构建成功后，可以使用docker image ls查看镜像。

构建镜像考验网速，可以下载我已经构建好的镜像。

wget https://www.biochen.org/public/software/tetools_1.4.tar.gz
gunzip tetools_1.4.tar.gz
docker load -i tetools_1.4.tar

在docker中使用RepeatMasker/RepeatModeler

docker run -it --rm --user $(id -u ${USER}):$(id -g ${USER}) -v /home/chenwen/data:/data dfam/tetools:1.4

参数说明

-it 为容器重新分配一个伪输入终端，以交互模式运行容器
--rm 容器退出后，自动清理容器内部的文件系统
--user $(id -u ${USER}):$(id -g ${USER}) 以当前用户和用户组运行docker
-v /home/chenwen/data:/data 挂载系统的/home/chenwen/data目录到容器的/data目录

在启动的新终端中，就可以运行RepeatMasker或者RepeatModeler，数据存放在宿主机的/home/chenwen/data目录中，对应到容器的/data目录。运行完之后，在终端输入exit退出容器。

RepeatMasker的用法参考之前的博文使用RepeatMasker屏蔽基因组重复序列。

RepeatModeler的用法参考之前的博文使用RepeatModeler从头预测基因组重复序列。