增强版两基因组比对

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简介

这是Michael Hiller大佬对UCSC的全基因组比对流程的改进。

安装GenomeAlignmentTools

编译chainCleaner, chainNet和scoreChain

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cd ~/software/
git clone https://github.com/hillerlab/GenomeAlignmentTools.git
cd GenomeAlignmentTools/kent/src/
make
echo "export PATH=$HOME/software/GenomeAlignmentTools/kent/bin:\$PATH" >> ~/.bashrc


export KENTSRC_DIR=$HOME/software/GenomeAlignmentTools/kent/src
export MACHTYPE=x86_64
cd ~/software/GenomeAlignmentTools/src/
make
cp *.py ../bin/
cp *.perl ../bin/
echo "export PATH=$HOME/software/GenomeAlignmentTools/bin:\$PATH" >> ~/.bashrc
source ~/.bashrc

第0步：准备

我们这里依然以斑马鱼（Danio rerio）和鲤鱼（Cyprinus carpio）的基因组为例，我们需要上一篇博文两基因组比对中的第0步到第2步，得到all.chain文件。

第1步：patchChain

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patchChain.perl all.chain sme.2bit sma.2bit sme.sizes sma.sizes -chainMinScore 5000 -gapMaxSizeT 500000 -gapMaxSizeQ 500000 -gapMinSizeT 30 -gapMinSizeQ 30 -numJobs 12 -jobDir jobs -jobList jobList -outputDir pslOutput -minEntropy 1.8 -windowSize 30 -minIdentity 60 -lastzParameters "--format=axt K=1500 L=2500 M=0 T=0 W=5 Q=HoxD55.q"

第2步：RepeatFiller

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RepeatFiller.py -c all_output.chain -T2 target_genome.2bit -Q2 query_genome.2bit

第3步：chainCleaner

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chainCleaner all_output.chain target_genome.2bit query_genome.2bit -tSizes target_genome.sizes -qSizes query_genome.sizes all_output_clean.chain removedSuspects.bed -linearGap=loose

第4步: 后续

上一步得到clean.chain之后，继续执行上一篇博文两基因组比对中的Netting和Maffing。